Wateroverlast
De ligging van Amersfoort leverde echter regelmatig ook wateroverlast op. Noordwesterstormen konden het zeewater de Eem in stuwen en de stad doen overstromen. De laatste watersnoodramp was in 1916. In de nacht van 13 op 14 januari woedde er een hevige storm. De golven van meer dan drie meter hoog waren teveel voor de dijken. Die braken door en zeewater stroomde de Amersfoortse grachten in.
Het leven van vele mensen kon gelukkig worden gered, maar er was grote schade aan huizen en volgens Rijkswaterstaat lieten 466 runderen, 8 paarden, 481 varkens en biggen, 57 schapen, 14 geiten en 10 honden het leven. Ook vormde de mislukte oogst een groot probleem. De bestaande plannen om de Zuiderzee af te sluiten werden definitief doorgevoerd. Na de aanleg van de afsluitdijk in 1932 heeft het zilte water de stad niet meer bereikt.
Dijken versterken
Tegenwoordig wordt Amersfoort beschermd tegen overstromingen door twee dijken: de dijk langs rivier de Eem en het Randmeer in het noorden en door de Grebbedijk langs de Rijn tussen Wageningen en Rhenen. De Grebbedijk zal de komende jaren worden verzwaard en zal vanaf 2025 ook aan de nieuwste landelijke normen voldoen. De dijk langs de Randmeren en de Eem werd eerder al versterkt. Ondanks de verzwaarde dijken blijft een ramp altijd mogelijk.
Nu wordt het begrip Amersfoort aan Zee vaak gebruikt als waarschuwing in relatie tot de klimaatproblematiek. Als bij een stijgende zeespiegel de dijken langs de Noordzee ons niet meer kunnen beschermen, zou het water tot aan Amersfoort kunnen komen.